Sucesor del FAT12, apareció en 1987,utilizado a partir de MS-DOS 3.0 cada cluster está representado en la FAT por un número de 16 bits ,con lo que el disco puede tener un máximo de 216 = 65.536 unidades de asignación
Esté sistema tiene dos inconvenientes: en primer lugar el tamaño máximo de 2 GB. El segundo es el espacio desperdiciado. Cada fichero que se almacena en el disco ocupa los clusters completos que necesita, por lo que si el fichero tiene un tamaño de 2 KB, ocupará un cluster de 32 KB, desperdiciando 30 KB.
Las primeras versiones de FAT permitían nombres de archivo de hasta 8+3 caracteres (8 para el nombre y 3 para la extensión), aunque esto fue solucionado al inventar VFAT, que permite nombres de hasta 255 caracteres.
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